稻妻海底秘境的开启通常需要完成前置任务神樱大祓的荒海部分，这是解锁水下区域的关键。首先需要找到荒海中间大树旁的三根雷柱，利用雷元素角色点亮它们。随后跳到中间的圆柱下方即可进入地底空间。进入后需完成神樱大祓的机关解谜，顺序为前1、左3、左上2、右3、右上2。右手边的大门需要解锁两个仙灵，一个位于柱子上，另一个在大祓树左侧。完成这些步骤后水位会下降，露出通往海底秘境的通道。
激活海底秘境的核心机关往往需要借助雷种子的力量。携带雷种子靠近大炮类机关时，会自动为其附魔，之后即可启动。部分秘境入口需用炮台对准裂缝发射炮弹炸开，随后按F键开启大门。若遇到元素方碑或雷立方机关，需注意调整攻击次数，例如左侧打两下、右侧打两下的特定组合。留念镜是重要道具，用于观察小狐狸雕像触发隐藏机关，尤其在镇守之森和荒海区域频繁使用。
海底锚点的解锁需完成水位下降谜题。在荒海区域，找到五个机关方块并调整为同一方向即可降低水位，游至右侧洞穴后调整台阶上的方块方向。部分雷神瞳需通过三级雷种子穿越屏障，或利用雷极飞升获取。秘境内的宝箱往往隐藏在复杂地形中，如珊瑚礁区或深海洞穴，需结合元素视野和机关互动逐步探索。
对于恒常机关阵列附近的千门虚舟秘境，需先击败守护怪物并完成石块旋转谜题。五块石板的解谜需以中间图案为基准，按特定顺序激活，俯视视角下建议采用逆时针编号法。秘境内部的祝祷机关需保持首项不动，其余按规律调整。若遇到无法启动的机关，建议检查是否遗漏仙灵或未用留念镜扫描小雕像。
整体探索时建议优先提升雷种子等级至三级，并配备弓箭角色应对高空机关。部分区域如借景之馆存在多层结构，需通过潜水往返不同深度。若卡关可回溯任务列表，确认是否完成农民的宝藏等前置任务获取关键道具。稻妻海底的谜题设计强调观察与逻辑，合理运用游戏内提示和元素反应能显著降低解谜难度。
