神兽作为游戏中最稀有且强大的存在，分布在地图的各个关键区域。火焰鸟作为火属性神兽，固定刷新在1号岛火焰山的山顶，玩家需要携带水属性宝可梦进行属性克制才能更有效地捕捉。闪电鸟出现在枯叶市附近的无人发电厂深处，建议使用地面系技能抵抗其电系攻击。急冻鸟则位于双子岛最深处，需要通过推岩石挡住瀑布急流才能进入其栖息的山洞，这只冰系神兽等级约60级且具备强力控制技能。
双子岛除了急冻鸟外还隐藏着冰神柱，玩家需在滑冰场完成特定滑行路线，撞到障碍物停止后，冰神柱会出现在对面区域。超梦作为游戏中最强神兽之一，需前往超梦山洞最深处挑战，建议携带三圣鸟进行对抗。洛奇亚出现在第八座彩虹岛右下方，等级高达70级且具备飞行/超能力双属性，使用岩石系或恶系宝可梦能显著降低战斗难度。梦幻的获取条件较为特殊，需在红莲岛建筑物内取得秘密钥匙后才能遇到。
例如雷公、炎帝、水君三选一的神兽，在击败四大天王后会在关东地区草丛随机遭遇，初始选择小火龙的玩家将遇到水君。幽灵塔顶楼隐藏着吉拉奇，需通过层层机关和暗器考验才能到达。7号岛海底通过潜水术可发现红蓝水都，而1号岛火焰山地下则栖息着地面系神兽古拉顿。冠军之路第二层还能捕捉到龙系天空龙，这些神兽的分布充分结合了环境特征与属性设定。
高级球或计时球能提升成功率，携带会刀背打击技能的宝可梦可将神兽血量精准控制在1点。三圣鸟建议使用对应属性克制阵容：火焰鸟弱水系和岩石系，急冻鸟惧火系与钢系，闪电鸟则被地面系完全免疫电击。超梦需优先解除其超能力屏障，洛奇亚要注意其高特防特性。部分神兽如雪拉比需在3号岛左侧森林特定天气条件下出现，岩神柱则需在岛1上方草地探索。
游戏后期可通过船票前往各岛屿解锁更多神兽。九岛拼图完成后会出现30级迪奥西斯，而完成七岛剧情后能在训练塔挑战高等级训练家获取稀有道具。使用战斗探测器可反复刷取经验值，但需注意部分神兽如古拉顿仅在山脚活动而非山顶。所有神兽的刷新机制均遵循游戏内逻辑，耐心探索并结合地图提示是成功捕获的关键。
